Cuando los romanos se convirtieron al cristianismo, las cosas empeoraron mucho para los judíos y quienes seguían cultos paganos. La doctrina cristiana primitiva era agresiva e intolerante con los demás, y los ataques físicos a los judíos y sus hogares y sinagogas no eran infrecuentes. Los judíos que convertían a esposas o esclavas cristianas eran ejecutados (aunque la Torá sí estipula que no se puede casar con no judíos). Aunque los judíos estaban excluidos de ciertas posiciones sociales, estaban en mejor situación que los seguidores de los cultos paganos: los primeros eran aislados y rechazados, mientras que los segundos eran ejecutados. Las conversiones se convirtieron en algo común y las iglesias de toda Europa se apoderaron de las sinagogas. En Francia, España y Bizancio, los bautismos forzosos se decretaron en el siglo VII, y aunque posteriormente se produjo en estos lugares un resurgimiento de la vida judía, su llegada fue muy lenta.

Los años de las Cruzadas también fueron muy malos para los judíos, que enfrentaron ataques en Renania, al mismo tiempo que fueron sometidos a virulentas predicaciones antisemitas de la iglesia. Como en el caso de Masada, los judíos prefirieron suicidarse a ser asesinados por turbas desenfrenadas. Las Cruzadas reales en Jerusalén provocaron la muerte inevitable de cientos de familias cristianas y judías que habían permanecido en la ciudad durante muchas generaciones.

Italia fue el único país donde los judíos no fueron expulsados, sólo reducidos en número, y es aquí donde vemos el raro ejemplo de una comunidad totalmente continua: la sujeción es más común que la matanza.

La insignia judía, que es visible en muchas obras de arte, se volvió común, identificando al judío del cristiano. El gueto se hizo más común y la quema de libros se volvió algo común. Esto último tiene un efecto mayor de lo que inicialmente parecería obvio. Habiendo sido llamados con frecuencia el "Pueblo del Libro", los judíos son grandes lectores y eruditos, y destruir sus libros era quitarles una gran parte de su cultura y herencia.

Por aquella época se establecieron supersticiones antisemitas. El libelo de sangre era una concepción común entre los judíos, y esto sólo aumentó la tensión en la comunidad. El Papa normalmente toleraba o promovía pensamientos antisemitas, aunque el Papa Inocencio IV declaró falso el libelo de sangre. Hubo otros rumores difundidos sobre los judíos a lo largo de la historia (algunos finalmente terminaron como propaganda nazi), incluido el envenenamiento de los ríos de las ciudades o, incluso, la propagación o la causa de las diversas plagas que cayeron sobre sus respectivas sociedades. Los judíos también fueron expulsados ​​del mercado comercial y luego se dedicaron al negocio del préstamo de dinero, donde alcanzaron un gran éxito, aunque esto también condujo finalmente a otro estereotipo. Los judíos pagaban fuertes impuestos por sus préstamos de dinero y, por tanto, eran severos con sus cobranzas, lo que a su vez provocaba ira.

En el año 1272, Eduardo I tomó el trono británico e intentó que los judíos volvieran a ser los comerciantes que solían ser. Este intento fracasó debido a las restricciones económicas que pesaban sobre ellos y, finalmente, el 18 de julio de 1290 los judíos fueron expulsados. Hay algo muy profundo en la fecha: resultó ser el nueve de Av, tradicionalmente un día muy malo para los judíos (que corresponde, entre otras cosas, a la destrucción de ambos Templos). La expulsión de España en 1492 provocó una mayor expansión de los judíos por Europa.

Las inquisiciones y los juicios de judíos, o de aquellos que se habían convertido del judaísmo, continuaron hasta el siglo XIX, y los problemas fueron particularmente duros para aquellos que se habían convertido completamente fuera de la fe solo para enfrentar más agravaciones. Estos "nuevos cristianos" eran, decían algunos, judíos en todo menos en el nombre.

El 12 de julio de 1555, el Papa Pablo IV decretó que todos los judíos debían ser separados en sus propios cuartos y se les prohibiría salir por la noche. Así se creó el gueto. Se podría decir que durante los siguientes cientos de años, cuando las comunidades judías se enfrentaron a la guetización, existía la idea de encerrarse tanto como de estar encerrados, ya que la comunidad del gueto a veces desarrollaba una intimidad sorprendente. Sin embargo, el gueto proporcionó poca cobertura para el antisemitismo de la época, y las supersticiones y los tabúes continuaron. La intelectualidad judía decayó debido a la falta de libros, y las simples copias y traducciones se convirtieron en algo común. Pero la Edad Media no fue del todo mala. La época vio el surgimiento de la Cabalá, donde unos pocos judíos muy observantes tuvieron el privilegio de recibir más conocimiento de Dios. Las emociones detrás de la Cabalá eran tales que promovían un mundo mejor, o una mayor esperanza en lo que vendría, y esto dio a los judíos una fuerte creencia en tiempos difíciles, similar a la idea del falso Mesías. Sin embargo, esto no quiere decir que la Cabalá inculcara falsas esperanzas; por el contrario, explicó a los judíos cómo podían, a través del estudio y la observancia minuciosos, obtener revelación espiritual.

La época también trajo a la raza judía un sentimiento de delicadeza y un sentimiento de autoconservación se volvió importante. Si los judíos habían sobrevivido a tanto durante tanto tiempo, seguramente iban a combatir la siguiente serie de problemas.