Quando os romanos se voltaram para o cristianismo, as coisas ficaram muito piores para os judeus e para aqueles que seguiam cultos pagãos. A doutrina cristã primitiva era agressiva e intolerante para com os outros, e os ataques físicos aos judeus e às suas casas e sinagogas não eram incomuns. Os judeus que converteram esposas cristãs ou escravas foram condenados à morte (embora a Torá estipule contra o casamento com não-judeus). Embora os judeus estivessem excluídos de certas posições sociais, eles estavam em melhor situação do que os seguidores dos cultos pagãos, sendo os primeiros isolados e evitados, enquanto os últimos eram condenados à morte. As conversões tornaram-se comuns e as sinagogas foram ocupadas por igrejas em toda a Europa. Na França, Espanha e Bizâncio, os batismos forçados foram decretados no século VII e, embora um renascimento da vida judaica tenha ocorrido mais tarde nesses lugares, demorou muito para acontecer.

Os anos das Cruzadas também foram muito maus para os judeus, que enfrentaram ataques na Renânia, ao mesmo tempo que foram sujeitos a virulentas pregações anti-semitas da igreja. Como no caso de Masada, os judeus preferiram matar-se a serem mortos por turbas violentas. As verdadeiras Cruzadas em Jerusalém levaram à morte inevitável de centenas de famílias cristãs e judias que permaneceram na cidade durante muitas gerações.

A Itália foi o único país onde os judeus não foram expulsos, apenas reduzidos em número, e é aqui que vemos o raro exemplo de uma comunidade totalmente contínua – sendo a sujeição mais comum do que o massacre.

A insígnia judaica, visível em muitas obras de arte, tornou-se comum, identificando o judeu do cristão. O gueto tornou-se mais comum e a queima de livros tornou-se comum. Este último tem um efeito maior do que inicialmente pareceria óbvio. Frequentemente chamados de "Povo do Livro", os Judeus são grandes leitores e estudiosos, e destruir os seus livros era tirar uma grande parte da sua cultura e herança.

Nessa época, surgiram superstições anti-semitas. O libelo de sangue era uma concepção comum dos judeus, e isso só aumentou a tensão na comunidade. O Papa normalmente tolerava ou promovia pensamentos anti-semitas, embora o Papa Inocêncio IV declarasse falso o libelo de sangue. Houve outros rumores espalhados sobre os judeus ao longo da história (alguns acabaram como propaganda nazista), incluindo o envenenamento de rios de cidades, ou mesmo a destruição ou a causa de várias pragas que atingiram suas respectivas sociedades. Os judeus também foram expulsos do mercado comercial e depois entraram no negócio de empréstimos de dinheiro, onde se tornaram muito bem-sucedidos, embora isso também tenha levado a outro estereótipo. Os judeus eram fortemente tributados nos seus empréstimos de dinheiro e, portanto, eram severos nas suas cobranças, o que por sua vez despertou a raiva.

No ano de 1272, Eduardo I assumiu o trono britânico e tentou fazer com que os judeus voltassem a ser os comerciantes que costumavam ser. Esta tentativa falhou devido às restrições económicas que lhes eram impostas e, eventualmente, em 18 de julho de 1290, os judeus foram expulsos. Há algo muito profundo sobre a data - este foi o Nove de Av, de qualquer maneira, tradicionalmente um dia muito ruim para os judeus (correspondendo à destruição de ambos os Templos, entre outras coisas). A expulsão da Espanha em 1492 levou a uma maior disseminação dos judeus pela Europa.

As inquisições e os julgamentos de judeus, ou daqueles que se converteram do judaísmo, continuaram até 1800, sendo os problemas particularmente difíceis para aqueles que se tinham convertido totalmente da fé apenas para enfrentarem mais agravamentos. Esses “Novos Cristãos” eram, segundo alguns, judeus em tudo, exceto no nome.

Em 12 de julho de 1555, o Papa Paulo IV decretou que todos os judeus deveriam ser separados em seus próprios alojamentos e proibidos de sair à noite. Assim, o gueto foi criado. Pode-se dizer que durante as centenas de anos seguintes, quando as comunidades judaicas enfrentaram a guetização, houve uma ideia tanto de isolamento como de encerramento, uma vez que a comunidade do gueto por vezes desenvolvia uma intimidade surpreendente. No entanto, o gueto proporcionou pouca cobertura ao anti-semitismo da época e as superstições e tabus continuaram. A intelectualidade judaica declinou devido à falta de livros, e simples cópias e traduções tornaram-se comuns. Mas a Idade Média não foi de todo ruim. A época viu o surgimento da Cabala, onde alguns judeus muito observantes foram privilegiados com mais conhecimento de D'us. As emoções por trás da Cabalá eram tais que promoviam um mundo melhor, ou uma maior esperança nas coisas que estavam por vir, e isso deu aos judeus uma forte crença em tempos difíceis, semelhante à ideia do falso Messias. No entanto, isto não quer dizer que a Cabalá tenha inspirado falsas esperanças - pelo contrário, explicou aos Judeus como poderiam, através de estudo e observância minuciosos, obter revelação espiritual.

A época também trouxe um sentimento de delicadeza para a raça judaica, e um sentimento de autopreservação tornou-se importante. Se os judeus tivessem sobrevivido tanto durante tanto tempo, certamente iriam combater o próximo conjunto de problemas.