Quando i romani si convertirono al cristianesimo, le cose peggiorarono molto per gli ebrei e per coloro che seguivano culti pagani. La prima dottrina cristiana era aggressiva e intollerante verso gli altri, e gli attacchi fisici contro gli ebrei, le loro case e sinagoghe non erano rari. Gli ebrei che convertirono mogli o schiave cristiane furono messi a morte (anche se la Torah prevede il divieto di sposare non ebrei). Gli ebrei, pur essendo esclusi da alcune posizioni sociali, si trovavano in una situazione migliore rispetto ai seguaci dei culti pagani, i primi essendo isolati ed evitati mentre i secondi venivano messi a morte. Le conversioni divennero un luogo comune e le sinagoghe furono rilevate dalle chiese di tutta Europa. In Francia, Spagna e Bisanzio i battesimi forzati furono decretati nel VII secolo e, sebbene più tardi in questi luoghi si verificò una rinascita della vita ebraica, essa tardò molto ad arrivare.

Gli anni dei crociati furono molto negativi anche per gli ebrei, che subirono attacchi in Renania, oltre ad essere soggetti ad una virulenta predicazione antisemita da parte della chiesa. Come nel caso di Masada, gli ebrei preferirono suicidarsi piuttosto che essere uccisi dalla folla inferocita. Le vere e proprie crociate a Gerusalemme portarono all'inevitabile morte di centinaia di famiglie cristiane ed ebree che erano rimaste nella città per molte generazioni.

L’Italia fu l’unico paese in cui gli ebrei non furono espulsi, ma solo ridotti di numero, ed è qui che vediamo il raro esempio di una comunità pienamente continuativa – la sottomissione essendo più comune del massacro.

Il distintivo ebraico, visibile in molte opere d'arte, divenne comune, identificando l'ebreo dal cristiano. Il ghetto divenne più comune e i roghi di libri erano un luogo comune. Quest'ultimo ha un effetto maggiore di quanto sembrerebbe inizialmente ovvio. Essendo stati spesso chiamati il ​​"Popolo del Libro", gli ebrei sono grandi lettori e studiosi, e distruggere i loro libri significava portare via gran parte della loro cultura e del loro patrimonio.

In questi tempi sorsero superstizioni antisemite. La diffamazione del sangue era una concezione comune degli ebrei, e questo non faceva altro che aumentare la tensione nella comunità. Il Papa normalmente tollerava o promuoveva pensieri antisemiti, sebbene papa Innocenzo IV dichiarò falsa la diffamazione del sangue. C'erano altre voci diffuse sugli ebrei nel corso della storia (alcune alla fine finirono come propaganda nazista), tra cui l'avvelenamento dei fiumi cittadini, o addirittura la diffusione o la causa delle varie piaghe che si abbatterono sulle rispettive società. Anche gli ebrei furono espulsi dal mercato commerciale e poi si dedicarono all'attività di prestito di denaro, dove ottennero un grande successo, sebbene anche questo alla fine portò a un altro stereotipo. Gli ebrei erano pesantemente tassati sui loro prestiti, e quindi erano severi sulle loro collezioni, cosa che a sua volta suscitò rabbia.

Nell'anno 1272, Edoardo I salì al trono britannico e tentò di riportare gli ebrei ai commercianti di un tempo. Questo tentativo fallì a causa delle restrizioni economiche imposte loro, e alla fine il 18 luglio 1290 gli ebrei furono espulsi. C'è qualcosa di molto profondo in quella data: questo era il 9 di Av, tradizionalmente un giorno molto brutto per gli ebrei (corrispondente, tra le altre cose, alla distruzione di entrambi i Templi). L'espulsione dalla Spagna nel 1492 portò ad un'ulteriore diffusione degli ebrei in tutta Europa.

Le inquisizioni e i processi contro gli ebrei, o coloro che si erano convertiti dal giudaismo, continuarono fino al 1800, e i problemi furono particolarmente difficili per coloro che si erano completamente convertiti dalla fede solo per affrontare ulteriori aggravamenti. Questi "nuovi cristiani" erano, alcuni dicevano, ebrei in tutto tranne che nel nome.

Il 12 luglio 1555, Papa Paolo IV decretò che tutti gli ebrei dovessero essere separati nei propri quartieri e fosse loro proibito uscire di notte. Così venne creato il ghetto. Si potrebbe dire che nei successivi cento anni, quando le comunità ebraiche dovettero affrontare la ghettizzazione, ci fosse l'idea di chiudersi fuori così come di essere rinchiusi, poiché la comunità del ghetto a volte sviluppava un'intimità sorprendente. Tuttavia, il ghetto fornì poca copertura all’antisemitismo dell’epoca, e le superstizioni e i tabù continuarono. L'intellettualità ebraica declinò a causa della mancanza di libri e semplici copie e traduzioni divennero un luogo comune. Ma il Medioevo non fu tutto negativo. Quell'epoca vide l'ascesa della Kabbalah, dove alcuni ebrei molto osservanti ebbero il privilegio di avere una maggiore conoscenza da parte di Dio. Le emozioni dietro la Kabbalah erano tali da promuovere un mondo migliore, o una speranza più grande per le cose a venire, e questo diede agli ebrei una forte fede nei tempi difficili, simile all’idea del falso Messia. Tuttavia, questo non vuol dire che la Kabbalah instillasse false speranze - al contrario, spiegava agli ebrei come potevano, attraverso lo studio e l'osservanza approfonditi, ottenere la rivelazione spirituale.

Quell'epoca portò anche un sentimento di delicatezza nella razza ebraica e un sentimento di autoconservazione divenne importante. Se gli ebrei fossero sopravvissuti così tanto e per così tanto tempo, avrebbero sicuramente combattuto la successiva serie di problemi.