Les penseurs kabbalistiques se préoccupaient de la nature et de l’origine du mal. De nombreuses solutions ont été proposées. Influencés par les néoplatoniciens, les auteurs kabbalistiques de Ma'arekhet ha-Elohut affirmaient que le mal n'a pas de réalité objective et est simplement relatif. D’autres ont suggéré qu’il devait y avoir une racine positive du mal et de la mort, qui était équilibrée au sein de l’unité de la Divinité par la racine de la bonté et de la vie.

Le Zohar postule que la doctrine du mal est apparue comme un sous-produit du jugement pur. Selon les kabbalistes de Gérone et le Zohar, le jugement pur produisait en lui la sitra achra (« l'autre côté »), tout comme un récipient rempli à débordement répand son excès de liquide sur le sol. Cet « autre côté », séparé du Le monde de la sainteté et les Sefirot, sont devenus la résidence d'émanations sombres et de pouvoirs démoniaques. La distinction est cruciale. Bien que le mal ait émergé de l'un des attributs de Dieu, il ne pouvait pas être considéré comme une partie essentielle de Lui.

Le Zohar affirme que la sitra achra (« l'autre côté ») possède dix Sefirot (« couronnes ») qui lui sont propres. Isaac ha-Kohen a enseigné que les premiers mondes détruits étaient trois émanations sombres, qui ont péri à cause du jugement strict qu'elles contenaient. Il soutenait que la force du mal dans ce monde venait de l'émanation de Binah (« intelligence »). Cette émanation lutte avec l'émanation de Gevourah (« force ») depuis le début de la création.

Le Zohar affirme également que le mal dans l'univers a émergé des « restes » des mondes détruits. Le pouvoir du mal est comparé à l'écorce de l'arbre d'émanation (un symbole originaire d'Azriel de Gérone et utilisé depuis lors dans les interprétations kabbalistiques des Sefirot.) L'émanation de gauche est appelée « l'arbre extérieur ». Une autre association interprète le « mystère de l'Arbre de la Connaissance ». L'Arbre de Vie (représentant la bonté de cœur) et l'Arbre de la Connaissance (représentant le jugement) étaient liés ensemble en parfaite harmonie jusqu'à ce qu'Adam vienne les séparer en mangeant du fruit, donnant ainsi corps au mal, qui avait jusqu'alors été confiné. Cette matérialisation est connue sous le nom d’instinct maléfique (yetzer ha-ra). L'acte d'Adam est appelé « la coupe des pousses » et constitue l'archétype de tous les grands péchés mentionnés dans la Bible. La séparation des deux arbres symbolisait la division de l'Unité de Dieu. Adam a ainsi introduit la séparation « en haut et en bas » dans ce qui aurait dû être un monde de création uni. Le pouvoir de jugement a été sommairement séparé du pouvoir de bonté de cœur.

De nombreuses autres perspectives ont été proposées par les kabbalistes pour expliquer l’existence du mal dans le monde. Dans certaines descriptions du Zohar, le mal est décrit comme un déchet naturel d'un processus organique et est comparé au mauvais sang, à une branche amère de l'arbre d'émanation ou à la lie du bon vin. Cependant, l’identification du mal à la matière physique n’est jamais devenue une doctrine pleinement acceptée dans la littérature kabbalistique.

Selon le Zohar, il y a une étincelle de sainteté même dans le domaine de la sitra achra (l'« autre côté »). Les royaumes du bien et du mal sont mélangés, et la mission humaine est de les séparer. Cela a conduit à la théorie de Nathan de Gaza qui a posé deux lumières dans l'Ein-Sof (« Infini »): « la lumière qui contenait la pensée » et « la lumière qui ne contenait pas de pensée. » Ces deux lumières sont considérées de manière antithétique: la première lumière était entièrement active, la seconde lumière, passive; la première lumière contenait la pensée de la création, la seconde lumière n'avait aucune part dans la création. La seconde lumière, à cause de sa résistance passive, est devenue la source ultime du mal dans l'acte de création. Ainsi, le mal est le résultat d'une dialectique entre deux aspects de la lumière d'Ein-Sof elle-même, son activité naît de l'opposition de la seconde lumière au changement.

C'est une conclusion importante. Le concept selon lequel le bien et le mal existent ensemble dans l’esprit suprême de Dieu impliquait une approche rationnelle pour déterminer la source du mal dans un système monothéiste. Comment le mal survivrait-il dans le monde à venir? Le commentateur Nachmanide a parlé du « retour de toutes choses à leur véritable essence ». Il entendait par là la remontée de chaque être créé vers sa source dans l'émanation. Cela nierait l’existence continue du mal ou du mauvais penchant chez l’homme. D’autres pensaient que le domaine du mal survivrait en tant que lieu de punition éternelle pour les méchants. Le kabbaliste du XIIIe siècle, Joseph Gikatilla, a déclaré que dans les temps à venir, « Dieu amènera la puissance du mal à un endroit où elle ne pourra plus être maligne ».

Ceux qui soutenaient la doctrine selon laquelle le mal redeviendrait bien affirmaient que la figure de Samaël (l'équivalent kabbalistique de Satan) se repentirait et se transformerait en un ange de sainteté, un acte qui provoquerait la disparition de « l'autre côté ». Même le nom de Samael serait changé. La lettre mem (signifiant la mort) serait supprimée pour quitter Sa'el, l'un des soixante-douze Saints Noms de Dieu.