Lorsque les Romains se sont tournés vers le christianisme, la situation est devenue bien pire pour les Juifs et ceux qui suivaient des cultes païens. La doctrine chrétienne primitive était agressive et intolérante envers les autres, et les attaques physiques contre les Juifs, leurs maisons et leurs synagogues n'étaient pas rares. Les Juifs qui convertissaient des épouses ou des esclaves chrétiennes étaient mis à mort (bien que la Torah stipule qu’il est interdit d’épouser des non-juifs). Même si les Juifs étaient exclus de certaines positions sociales, ils étaient mieux lotis que les adeptes des cultes païens, les premiers étant isolés et rejetés tandis que les seconds étaient mis à mort. Les conversions sont devenues monnaie courante et les synagogues ont été reprises par des églises dans toute l'Europe. En France, en Espagne et à Byzance, les baptêmes forcés furent décrétés au VIIe siècle, et bien qu'un renouveau de la vie juive se produise plus tard dans ces lieux, il tarda à se produire.

Les années des Croisades furent également très mauvaises pour les Juifs, qui furent confrontés à des attaques en Rhénanie et à des prédications antisémites virulentes de l'Église. Comme dans le cas de Massada, les Juifs préféraient se suicider plutôt que d’être tués par des foules déchaînées. Les véritables croisades à Jérusalem ont entraîné la mort inévitable de centaines de familles chrétiennes et juives restées dans la ville depuis de nombreuses générations.

L'Italie était le seul pays où les Juifs n'étaient pas expulsés, mais seulement réduits en nombre, et c'est ici que nous voyons le rare exemple d'une communauté pleinement continue - la sujétion étant plus courante que le massacre.

L’insigne juif, visible sur de nombreuses œuvres d’art, est devenu courant, identifiant le juif du chrétien. Le ghetto est devenu plus courant et les autodafés de livres étaient monnaie courante. Cette dernière a un effet plus important qu’il n’y paraît à première vue. Souvent appelés « le peuple du livre », les Juifs sont de grands lecteurs et érudits, et détruire leurs livres revenait à leur enlever une grande partie de leur culture et de leur héritage.

À cette époque, des superstitions antisémites se sont installées. La diffamation pour le sang était une conception courante chez les Juifs, ce qui ne faisait qu'accroître les tensions au sein de la communauté. Le pape tolérait ou promouvait normalement les pensées antisémites, bien que le pape Innocent IV ait déclaré la diffamation sanglante fausse. D’autres rumeurs se sont répandues à propos des Juifs tout au long de l’histoire (certaines ont fini par devenir de la propagande nazie), notamment l’empoisonnement des rivières des villes, ou encore la propagation ou la cause des diverses plaies qui se sont abattues sur leurs sociétés respectives. Les Juifs ont également été exclus du marché commercial, puis se sont lancés dans le secteur du prêt d’argent, où ils ont connu un grand succès, même si cela a finalement conduit à un autre stéréotype. Les Juifs étaient lourdement imposés sur leurs prêts d’argent et étaient donc sévères sur leurs collections, ce qui suscitait la colère.

En 1272, Édouard Ier accéda au trône britannique et tenta de redonner aux Juifs les commerçants qu’ils étaient. Cette tentative échoua en raison des restrictions économiques qui leur étaient imposées et finalement, le 18 juillet 1290, les Juifs furent expulsés. Il y a quelque chose de très profond dans cette date - c'était le 9 Av, de toute façon traditionnellement un très mauvais jour pour les Juifs (correspondant entre autres à la destruction des deux Temples). L'expulsion d' Espagne en 1492 a entraîné une nouvelle propagation des Juifs à travers l'Europe.

Les inquisitions et les procès des Juifs, ou de ceux qui s'étaient convertis du judaïsme, se sont poursuivis jusque dans les années 1800, les troubles étant particulièrement durs pour ceux qui s'étaient complètement convertis à la foi, pour ensuite faire face à une aggravation encore plus grande. Ces « nouveaux chrétiens » étaient, disaient certains, juifs, sauf le nom.

Le 12 juillet 1555, le pape Paul IV décréta que tous les Juifs devaient être séparés dans leurs propres quartiers et qu'il leur était interdit de sortir la nuit. Ainsi, le ghetto fut créé. On pourrait dire qu'au cours des centaines d'années suivantes, lorsque les communautés juives ont été confrontées à la ghettoïsation, il y avait une idée de verrouillage autant que d'enfermement, la communauté du ghetto développant parfois une intimité surprenante. Cependant, le ghetto n’offrait guère de couverture à l’antisémitisme de l’époque, et les superstitions et les tabous persistaient. L'intellectualité juive déclina, en raison du manque de livres, et de simples copies et traductions devinrent monnaie courante. Mais le Moyen Âge n’était pas que mauvais. L'époque a vu l'essor de la Kabbale, où quelques Juifs très pratiquants ont eu le privilège de bénéficier de plus de connaissances de D.ieu. Les émotions derrière la Kabbale étaient de nature à promouvoir un monde meilleur ou un plus grand espoir pour les choses à venir, ce qui a donné aux Juifs une forte croyance dans les temps difficiles, semblable à l' idée du faux Messie. Cependant, cela ne veut pas dire que la Kabbale a suscité de faux espoirs – au contraire, elle a expliqué aux Juifs comment ils pouvaient, grâce à une étude et une observance approfondies, obtenir une révélation spirituelle.

L’époque a également apporté un sentiment de délicatesse à la race juive, et le sentiment d’auto-préservation est devenu important. Si les Juifs avaient survécu à tant de choses pendant si longtemps, ils allaient sûrement affronter une nouvelle série de problèmes.